相关的调查显示，中国普通民众中至少有七成认为转基因食品有害而拒绝购买和食用。不只是中国，转基因食品在欧洲和美国也遭遇过类似的抵制，只不过中国的原因更加特殊和复杂。
民众对转基因的不信任，本质是缺乏对政府-专家系统的信任
从技术层面出发，转基因作物作为农业生物科学的研究对象，是否安全应该回归为一个科学问题。这意味着讨论的话语应该是科学的话语，专业的话语。需要指出的是，在支持转基因作物的群体中，科学工作者比例甚大，而反对者常常因为知识壁垒被挡在了专业论证的门外。因此，从专业的角度出发，真理似乎掌握在少数科学工作者手中，而主流大众则成为反对科学的“愚众”。
然而，转基因作物的研究或许是一个纯粹科学范围的问题，但转基因作物一旦产业化，成为进入千家万户的食品，那问题也就超出了科学的范畴，而成为一个社会性的议题。正是在这个前提下，大众有了介入讨论的正当性。而显而易见的是，大众的话语很难与科学话语进行对接。只是抛开阴谋论本身，公众之所以对转基因作物疑虑重重，却不仅仅是因为不懂科学，更是因为缺乏对政府-专家系统的信任。
中国目前的食品安全现状更是让人难以对转基因放心
阻挡转基因食品的与其说是公众对于转基因食品的不信任，不如说是对转基因食品安全管理的不信任。再没有一个国家的消费者比起自嘲“吃遍元素周期表”的中国消费者更有理由对于食品安全管理抱有更多的怀疑。在“毒奶粉”“毒胶囊”等一系列食品安全事故冲击之下，中国的食品监管部门公信力已是千疮百孔。
61名院士在建议书中指责农业部无所作为，而实际情况是，农业部即使有所作为，即使在官方网站大力推广，也收效甚微，甚至产生副作用。转基因食品这样的新生事物的推广需要权威的力量，而当下中国，恰恰缺少一种足够让人相信和依赖的“权威”来打消公众的疑虑。在一个公信缺失且监管不够的社会中，当政府、企业、专家站在一起时，人们非但不能诚心信服，反而容易陷入利益勾结的阴谋猜测中。
谣言作用下，普通人对转基因更是疑虑重重
关于转基因有种种谣言，如外国人不吃转基因、吃转基因食品会导致绝育致癌、孟山都是美国的秘密武器等等，虽然绝大多数都被辟过谣，但奈何不了谣言的更易传播。
所谓的转基因“安全事件”也层出不穷，比如转基因饲料导致猪患胃炎几率增加事件、广西大学生精子活力下降事件、美国斑蝶事件、加拿大“超级杂草”事件、美国转基因玉米"MON863"事件等等。这些事件都曾轰动一时，但都由于研究方法科学性不够、研究论据不足被陆续证伪。表面上，转基因安全事件层出不穷，但实际上，目前还没有出现一个有力的研究支撑对转基因食品的安全疑虑。
公开讨论，弥补裂痕
对于转基因这样一种新事物，民众心存疑虑是可以理解的。普通民众越是不理解，越是需要科学家们进行耐心细致的解释，而不应该抱着高高在上的姿态对民意不闻不问或者索性绕开民意。观照欧美诸国，在转基因食品的推广之路上，公开理性的科学讨论贯穿始终。让民众参与到转基因食品走向市场的每一步，不仅有利于实现决策的民主，也能够在这种民主的讨论中达成科学普及的目标。
一边是专家学者大力推广，一边是普通民众强烈排斥，分裂的舆论背后是破裂的信任，是对食品安全管理的“有效”不信任，是对专家学者的“权威”不信任。
在欧美的一些主流网站上，有很多“挺转”派和“反转”派进行辩论的视频，但是很遗憾，在中国大陆至今未能建立起这样一个可供公共讨论的氛围。如果一方还是抱着“猪吃90天都没事，人也可以吃”的推广手段和心态，而另一方却总把耳朵堵上，不管说什么都不听，那么既无法建立起公共理性讨论的氛围，对转基因食品的安全和推广也起不到任何实质的作用——不管你是否希望它进入或者退出市场。
建立能够让人信任的转基因食品管理和法律体系
让公众接受转基因食品的首要前提就是建立一套全面有效的转基因食品安全管理体系。但遗憾的是，中国对转基因食品安全问题目前没有专门的立法，而多是以部门规章和行政法规的形式进行规定，这些法规往往具有临时性和应急性，缺少对转基因食品安全问题全面系统的规定。并且，这些法规的执行情况也不够理想。
以《农业转基因生物安全管理条例》为例，该条例明确规定 “所有的转基因农产品都要有明确的标志，违规的生产和经营者最多可被罚款20万元。”但根据媒体调查，除了转基因食用油的原料说明中会有“本品为加工原料为转基因大豆”，或“本品菜籽油加工原料为转基因菜籽”的小字之外，其它豆制品，例如豆瓣酱、豆腐等，对原料基因标注者甚少，而一些使用食用油的食品更不见任何原料基因的标志。
此外，中国转基因食品安全管理主要由农业部负责，农业部颁布条例、办法等对转基因食品安全进行规定，并对新的转基因食品进行审批，但是卫生部、科技部以及国家环保局都介入了转基因食品安全管理，出现了多头管理的问题，且各个部门的协调性不高，使转基因食品安全管理没有形成一个统一协调、全面有效的管理机制。
